На станции остались в работе два вспомогательных гидроагрегата по 1000 кВт, работавшие для железнодорожного узла Волховстрой и воинских частей. Их эксплуатацию обеспечивала небольшая группа работников вместе с директором ГЭС И.П. Жемчужниковым, главным инженером П.А. Ковальчуком, парторгом ЦК ВКП(б) Н.А. Радченко и начальником III Высоковольтного района А.И. Семенченко. Станция была заминирована, подготовлена к взрыву и затоплению. Уже в конце 1941 года был подписан указ о возвращении гидроагрегатов на станцию.