В годы Первой мировой войны в Кондопожской волости Главное артиллерийское управление Военного министерства России начало подготовку строительства завода азотной кислоты, необходимой для производства пороха. Поскольку производство азотной кислоты требовало большого расхода электроэнергии, в 1916 г. началось строительство гидроэлектростанции около небольшой карельской деревни Кондопоги. Проектная мощность ГЭС составляла 30 МВт, и она должна была стать крупнейшей в России. Во время революции и гражданской войны все оборудование со стройки было вывезено, работы прекращены. Автором проекта являлся Г.О. Графтио. Второй пуск Кондопожской ГЭС после восстановления станции состоялся в 1951 г. Здание станции признано памятником архитектуры. 

26 апреля 1921 г. Совнаркомом РСФСР под председательством В.И. Ленина было принято постановление о постройке  бумажной фабрики и Центральной электростанции в Кондопоге на реке Суна. Строительство продолжалось много лет — с 1923 по 1951 г. К строительству второй очереди приступили в 1937 г. Весной 1941 г. один агрегат был пущен, второй находился в стадии окончания монтажных работ.

С началом военных действий основное гидромеханическое и электрическое оборудование демонтировали и вывезли на другие гидростанции СССР, за исключением малого агрегата мощностью 1500 МВт, который был взорван на месте. Во время Великой Отечественной войны сооружения Кондопожской ГЭС подверглись значительному разрушению. Восстановление станции началось в июне 1944 г. В 1947 г. были пущены в работу агрегаты № 1 и 2, в марте 1951 г. — агрегат № 3. Кондопожская ГЭС была принята в промышленную  эксплуатацию.