Технический проект станции был разработан в 1954 – 1955 гг. и утвержден Министерством электростанций СССР в 1957 г. В целях удешевления стоимости ГЭС и сокращения сроков ее строительства институтом «Ленгидропроект» по решению Карельского Совнархоза он был переработан с удешевлением ГЭС на 2,9 млн. рублей и заново утвержден в 1960 г.

Строительство Выгостровской ГЭС началось в апреле 1959 г., и в декабре 1961 года станция вышла на полную мощность.

В смету строительства Выгостровской ГЭС были включены затраты на археологические раскопки, которые проводились Карельским филиалом Академии наук СССР. Наиболее интересные наскальные изображения, петроглифы, попадали под основание земляной плотины и могли исчезнуть.

Во избежание этого было принято решение об изменении направления плотины, а над наскальными рисунками был возведен бетонный павильон со стеклянной стеной. Группа петроглифов, вошедшая в павильон-музей «Бесовы следки», относится к IV тысячелетию до нашей эры; по общему мнению исследователей, эти петроглифы являются самыми древними наскальными рисунками Карелии.

На плоской, слегка покатой прибрежной скале, площадь которой равна примерно 40-50 кв. м, первобытные художники высекли свыше 300 рисунков, разнообразных по сюжету. Гладкая поверхность серой скалы местами имеет красноватый оттенок.